Vides ministrija ir viena no jaunākajām Latvijas ministrijām. Tā izveidota 1993. gada vasarā, kad pēc 5. Saeimas vēlēšanām tika iedibināta jauna valsts pārvaldes struktūra. Vides aizsardzību tā pārņēma no Vides aizsardzības komitejas. Reģionālās plānošanas un attīstības jautājumi līdz ministrijas izveidei tikpat kā nebija risināti. Pilnveidojot valsts pārvaldes struktūru, ministrijai tās pastāvēšanas laikā tika nodota virkne institūciju ar tām raksturīgām funkcijām.

Jau ministriju veidojot, tai tika nodotas likvidētās Arhitektūras un celtniecības ministrijas funkcijas būvniecībā, dzīvokļu un komunālajā saimniecībā. No minētās ministrijas pārņēma ģeoloģiju un tūrismu. No kādreizējās Valsts reformu ministrijas līdz ar Pašvaldību lietu pārvaldi tika pārņemti pašvaldību jautājumi.

1996.gadā no Satiksmes ministrijas, atbilstoši darbības specifikai, ministrijas paspārnē pārnāca Valsts hidrometeoroloģijas pārvalde.

1999.gadā ministrijas pārziņā tika nodots Latvijas Dabas muzejs. No 2000.gada 1.jūlija Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrijas pārziņā ir Gaujas Nacionālais parks.

Lai īstenotu Latvijas iekļaušanos Eiropas vides aģentūru tīklā un uzsāktu līdzīgu funkciju veicošu iestāžu konsolidēšanu, ar 2000.gada 1. oktobri tika izveidota Latvijas vides aģentūra, apvienojot Latvijas Vides datu centru un Vides konsultāciju un monitoringa centru.

Ar 2003. gada janvāri, nododot reģionālās attīstības, būvniecības un tūrisma funkcijas citām LR ministrijām, Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija kļuva par Vides ministriju, kuras galvenās jomas ir vides aizsardzība, dabas aizsardzība un vides investīciju piesaiste.

2003.gada februārī ar VIDM rīkojumu tika izveidota Vides konsultatīvā padome - konsultatīva un koordinējoša institūcija, kuras lēmumiem ir ieteikuma raksturs vides aizsardzības un ilgtspējīgas attīstības jomā. Vides konsultatīvās padomes pārstāvjus deleģē vides sabiedriskās organizācijas, profesionālās asociācijas, pašvaldības, kā arī izglītības un zinātnes institūcijas. Vides konsultatīvā padome iesniegusi priekšlikumus likumu grozījumiem, tai skaitā Aizsargjoslu likumam, Vides aizsardzības likumam, kā arī Vides politikas plānam.

Ņemot vērā pieaugošo likumdošanas apjomu klimata pārmaiņu jomā, kā arī šīs jomas tiešo saistību ar projektiem atjaunojamās enerģētikas jomā un līdz šim nepietiekami izmantotās iespējas Latvijai īstenot Kopīgi īstenojamos projektus, ar 2004.gada 1.oktobri ir izveidota jauna Vides ministrijas struktūrvienība Klimata un atjaunojamās enerģētikas departaments, kuru veido Klimata politikas un Pilotprojekta nodaļas. Viens no šī departamenta uzdevumiem ir integrēt vides prasības enerģētikas politikas dokumentos un normatīvajos aktos.

Lai uzlabotu ministrijas komunikācijas darbu, ir izveidota jauna Komunikācijas nodaļa. Tas tika veikts saskaņā ar Valdības komunikācijas politikas pamatnostādnēm, lai nodrošinātu, ka katrā politikas veidošanas posmā - no politikas izstrādāšanas līdz pat tās ieviešanas novērtēšanai - tiek aktīvi veidota sadarbība ar sabiedrību.

Lai efektīvāk un racionālāk izmantotu ministrijas resursus un ņemot vērā līdzīgās funkcijas, Ārējo sakaru nodaļa (izņemot darbiniekus, kas atbild par komunikāciju ar plašsaziņas līdzekļiem) tika pievienota Stratēģijas un koordinācijas departamentam, izveidojot jaunu ES lietu un ārlietu nodaļu.

Tāpat, lai nākotnē veiksmīgi varētu turpināt pielietot jau izveidotos un attīstīt ekonomiskos instrumentus (piemēram, izlietotā iepakojuma apsaimniekošanas sistēmu) jaunās jomās ar 2004.gada 1.okotbri Vides aizsardzības departamentā ir izveidota jauna Atkritumu apsaimniekošanas nodaļa.

Vides ministrijas sastāvā šobrīd ir desmit departamenti un divas patstāvīgās nodaļas. Ministriju vada vides ministrs. Augstākais valsts civildienesta ierēdnis ministrijā ir valsts sekretārs.