Ūdeņu aizsardzība ir viena no galvenajām prioritātēm Latvijas vides aizsardzības politikā. Uz šodienu tajā sasniegti jau labi rezultāti. Sekmīgi darbojas investīciju shēmas, ievērojami uzlabots stāvoklis notekūdeņu attīrīšanā. Labākas uzskaites un ūdens taupīšanas rezultātā kopējais notekūdeņu daudzums valstī samazinājies divas reizes, neattīrīto notekūdeņu īpatsvars samazinājies līdz 5% no kopapjoma, bet komunālo notekūdeņu radītais piesārņojums ir samazinājies vairāk nekā divas reizes. Lai veicinātu ūdenssaimniecību attīstību vairākās Latvijas apdzīvotās vietās ir uzsākti un turpinās ūdenssaimniecības attīstības projekti.
Ūdens apsaimniekošanas likums ir spēkā no 2002.gada 26.oktobra un ir galvenais normatīvais akts ūdeņu apsaimniekošanā un aizsardzībā. Likuma mērķis ir izveidot virszemes un pazemes ūdeņu aizsardzības un apsaimniekošanas sistēmu kas veicina ilgtspējīgu un racionālu ūdens resursu lietošanu, uzlabo ūdens vides aizsardzību, nodrošina ūdeņu aizsardzību un sekmē starptautiskajos līgumos noteikto mērķu sasniegšanu. Likums nosaka, ka turpmāk ūdeņu aizsardzības pasākumi, efektivitāte un lietderība jākontrolē nevis administratīvajās, bet upju baseinu robežās. Latvijas teritorija ir iedalīta Daugavas, Gaujas, Lielupes un Ventas upju baseinu apgabalos. Likumā iekļautas tiesību normas, kas izriet no Eiropas Parlamenta un Padomes direktīvas 2000/60/EK (2000.gada 23.oktobris). No Ūdens apsaimniekošanas likuma izrietoši ir vairāki Ministru kabineta noteikumi, kā arī ūdens aizsardzību reglamentē likums „Par piesārņojumu” un no tā izrietošie normatīvie akti.
Latvijai cauri tek trīs ANO Eiropas galveno robežšķērsojošo upju sarakstā ietvertas upes: Daugava, Lielupe un Venta. Šo upju kvalitātes problēmas var atrisināt tikai ar starptautisku līgumu palīdzību, atbilstoši 1992. gada Helsinku konvencijā „Par robežšķērsojošo ūdensteču un starptautisko ezeru izmantošanu un aizsardzību” noteiktajiem mehānismiem. Latvija konvenciju ir ratificējusi 1996. gadā.
Visciešākā sadarbība ūdens aizsardzībā notiek ar Veselības un Zemkopības ministrijām.
Ūdeņu aizsardzībā Latvijai izveidojusies laba sadarbība ar Dāniju, Zviedriju, Somiju un ASV. Pazemes ūdeņu aizsardzībā palīdzību sniegušas ASV un Vācija.
